Selang beberapa tahun kemudian, Ahmad Dofiri dimutasi menjadi Kapolda Banten. Tak berlangsung lama, Ahmad Dofiri lalu dirotasi menjadi Karosunluhkum Divkum Polri.
Pada 2016. Ahmad Dofiri kembali digeser dan menjabat Kapolda DIY. Selama menjabat Kapolda DIY, Dofiri menangani sejumlah kasus menonjol. Salah satunya kasus penyebaran hoax yang mencatut nama Gubernur DIY Sri Sultan HB X.
Pada 2018, Ahmad Dofiri juga menangani kasus penyerangan Gereja Katolik Santa Lidwina Bedog, Kecamatan Gamping, Sleman. Dofiri mengatakan pelaku penyerangan itu terkait jaringan teroris.
Di tahun yang sama, Ahmad Dofiri juga mendapat kenaikan pangkat menjadi Irjen atau jenderal bintang dua. Saat itu Polda DIY ditingkatkan statusnya menjadi tipe A.